El Nivel Secundario del Colegio San Isidro está proyectado en seis años de formación con Orientación en Humanidades.
Posee a su vez, en el turno tarde, oferta académica de Inglés con carácter de obligatoriedad, estructurada en Niveles acordes con los Exámenes Internacionales de la Universidad de Cambridge (KET PET FIRST CAE ) de la cual somos, en la actualidad, centro examinador autorizado.
Contamos con una única división por año y la escolaridad se desarrolla en el turno de la mañana (Castellano) y en el turno tarde (inglés y Educación Física).